Johannes Messenius blev 1609 efter tjänster på kontinenten juris professor i Uppsala; efter häftiga stridigheter med professorskollegan Johannes Rudbeckius utsågs han 1613 i stället till föreståndare för rikets arkiv. 1616 dömdes han till döden för landsförräderi och katolicism men benådades och avtjänade straffet i fängelse i Kajaneborg. Han frigavs först 1635.