Fadern var organist och skolman i släktens hemstad Oldesloe (Holstein), därefter i Helsingborg och Helsingør; var och när Buxtehude föddes har emellertid inte gått att fastställa. Han kan därför med lika stor rätt räknas som tysk eller dansk. Buxtehude var verksam som organist i Helsingborg ca 1658–60, därefter i Helsingør