I kriget mot Ryssland 1554–59 förde Klas Kristersson Horn högt truppbefäl och blev 1556 kommendant i Viborgs län. Sedan Sverige fått fast fot i Estland 1560, övertog Horn den militära administrationen där och fullbordade landets anslutning till svenska kronan. I nordiska sjuårskriget 1563–70 hade Horn först armébefäl, med mindre framgång;