Under Decius förföljelse 250 höll Cyprianus sig gömd men uppmuntrade församlingen genom många brev. Efter förföljelsen intog han en mild hållning gentemot dem som avfallit och tillät att de återupptogs i kyrkan efter botgöring. I den s.k. kättardopstriden var han däremot rigorist; de som döpts av heretiker måste döpas om.