Trolle blev riksråd 1557 och var länsman på olika slott samt 1559–62 och 1564–65 danska flottans chef. Under nordiska sjuårskriget besegrade han 1564 den svenska flottan vid Öland, men i ett sjöslag året därpå vid Fehmarn sårades han dödligt. Trolle och hustrun Birgitte Gøye (död 1574) donerade 1565 godset Herlufsholm