Innocentius XII skar ned kurians utgifter och omöjliggjorde nepotism genom en ny lag. Konflikten med Ludvig XIV om gallikanismen bilades under hans tid; däremot stod han i ett spänningsfyllt förhållande till Österrike. I striden om kvietismen fördömde Innocentius XII 23 satser av Fénelon som heretiska.