Vega gick i jesuitskola i Madrid och påbörjade studier för prästyrket. En rad kärleksäventyr medförde att han vid 26 års ålder förvisades från huvudstaden till Valencia. Vega medföljde som diktare den spanska armadan 1589 och tjänstgjorde som sekreterare åt bl.a. hertigen av Alba. Han prästvigdes 1614.