Claisen införde ett stort antal preparativt viktiga reaktioner i den organiska kemin. Kondensation av karboxylsyraestrar med föreningar innehållande aktiva väten kallas efter honom för Claisenkondensation, omlagring av allylaryletrar till allylfenoler för Claisenomlagring. Claisen studerade ingående fenomenet tautomeri och införde benämningarna enol- och ketoform.