Parken bildades 1952 som ett led i Brasiliens urfolkspolitik. Avsikten var att så långt möjligt skydda urbefolkningen i området från kontakter med brasilianska nybyggare och dämpa takten i de oundvikliga förändringar de stod inför. Efter förödande mässlingsepidemier 1954 genomfördes ett framgångsrikt vaccinationsprogram bland spillrorna av de 14 olika stammar (drygt 1 000