Efter att ha utgivit den illegala tidskriften Syntaksis anklagades Ginzburg 1960 för antisovjetisk verksamhet. Beskylld för kontakter med sovjetfientliga grupper utomlands, men i realiteten i onåd på grund av en vitbok som han 1966 författat om affären Daniel–Sinjavskij, dömdes han 1967 till straffarbete.