Alemán var ordförande i Partido Liberal Constitucionalista (PLC) 1990–91 och 1993–96. Åren 1990–95 var Alemán Managuas borgmästare. Som Alianza Liberals presidentkandidat valdes Alemán till president 1996. Efter att Alemán lämnat presidentposten 2002 inleddes rättegång mot honom efter misstankar om allvarlig korruption, och 2003 dömdes han till 20 års fängelse.