Boknfjorden består av en bred yttre del samt av smala armar, som tränger in i landet, t.ex. Lysefjorden i söder och Saudafjorden i norr. Den mittersta fjorden, Jösenfjorden, har ett största djup av ca 650 m men är avskild från övriga Boknfjorden av en tröskel på 100 m djup. Lysefjordens maximidjup är