Bornholmsbäckenets maximidjup är 105 m. Från bäckenet leder en ca 90 m djup ränna, Stolpe- eller Slupskrännan, över en 60 m djup tröskel, Stolpetröskeln, in i Östersjöns centralbäcken. Vattnet i Bornholmsbäckenet är skiktat; ytvattnet har en salinitet av ca 7–8 ‰ och djupvattnet ca 10–20 ‰. Salinitetssprångskiktet, haloklinen, ligger på ca 60 m djup. På