Clemens XI spelade en viktig roll vid undertryckandet av jansenismen, särskilt genom bullan Unigenitus Dei Filius (1713), där 101 påstådda jansenistiska satser fördömdes. Detta gav upphov till den gammalkatolska kyrkan i Nederländerna. Clemens XI ingrep också mot jesuiterna i den s.k. ritstriden och fördömde 1710 och 1715 deras accepterande