Direktionen inrättades 1994 och ersatte då militärledningen, MIL. Direktionen var ett rådgivande organ till överbefälhavaren och behandlade frågor som hade stor räckvidd eller i övrigt var av principiell betydelse. Direktionen ersattes 2005 av försvarsmaktsledningen, FML, i vilken tio av Högkvarterets högsta chefer ingår.