Begreppet ekoregion växte fram under slutet av 1990-talet framför allt för att skapa ett hjälpmedel för planeringen av naturvårdsinsatser. WWF stod i centrum för utvecklingsarbetet och har beskrivit ekoregioner för landområden, sötvattensområden (sjöar, vattendrag och våtmarker) och kustnära havsområden.