Efter spel i skånska småklubbar debuterade Elin Rubensson i damallsvenskan 2010 för Ldb FC Malmö, sedermera FC Rosengård. Med klubben tog hon fyra SM-guld (2010–11 och 2013–14). Inför säsongen 2015 gick hon över till Kopparbergs/Göteborg FC (sedan 2021 BK Häcken FF). Hon var föräldraledig när klubben tog SM-guld 2020 men bidrog