Omkring 20 % av de estniska flyktingarna (ca 3 000) var av ortodox trosuppfattning. Estniska ortodoxa kyrkan i Sverige står organisatoriskt under det grekisk-ortodoxa Metropolitdömet av Sverige och hela Skandinavien, vars högsta ledning utövas av den ekumeniske patriarken av Konstantinopel. Estniska ortodoxa kyrkan i Sverige. har församlingar i Stockholm, Göteborg och Norrköping.