Den systematiska klassificeringen varierar, men vanligen förs flugor samman till en underordning, Brachyʹcera, som tillsammans med myggor (underordningen Nematoʹcera) utgör ordningen tvåvingar. Flugor indelas i sin tur i grupperna lägre flugor och högre flugor. Flugor har världsvid utbredning och omfattar uppåt 100 000 arter, varav cirka 3 000 i Sverige.