FOM finansierar grundforskning vid universitet och fristående institut som KVI (kärnfysik) i Groningen, NIKHEF (högenergifysik) och AMOLF (atomfysik) i Amsterdam, Institutet för plasmafysik i Rijnhuizen och CST (submikron-teknologi) i Delft. Dessutom stöder FOM forskning inom tillämpade områden som teknisk fysik.