Staden grundades troligen på 600-talet. Den blev 1520 huvudstad i det tidigare sultanatet Adal. Harer förlorade sin politiska maktställning efter ett halvsekel, men har förblivit en viktig handelsstad och ett islamiskt kulturcentrum. Efter ett årtionde under turkiskt välde (1875–85) och inför hotet av en europeisk ockupation införlivades staden med omnejd