I sina verk kommenterade Jacopo Zabarella främst Aristoteles logiska och naturfilosofiska skrifter, och hans syn på Aristoteles logik och vetenskapsfilosofi kom att dominera för århundraden framåt. Han var själv konservativ och tog inte intryck vare sig av Copernicus tankar eller av försöken att införa matematiska metoder inom naturfilosofin (naturvetenskapen).