Jennifer A. Doudna föddes i Washington D.C. men växte upp i Hilo på Hawaii. Hon avlade 1989 doktorsexamen i biokemi vid Harvard University, Cambridge, Massachusetts. Efter postdoktorstudier vid University of Colorado, Colorado Springs, flyttade hon 1994 till Yale University, New Haven. 2002 blev hon professor i biokemi och molekylärbiologi vid University