Johan Fredrik I var en trofast anhängare av Luther, främjade reformationen och gynnade universitetet i Wittenberg. Jämte Filip av Hessen ledde han Schmalkaldiska förbundet före och under det schmalkaldiska kriget (1546–47). Besegrad och tillfångatagen vid Mühlberg 1547 tvangs Johan avstå från kurvärdigheten och större delen av sitt territorium. I trosfrågorna vägrade