I samarbete med Uppsala universitet ges prästutbildning för tjänster i EFS och Svenska kyrkan. Högskolan ger även teologiska utbildningsprogram för kandidatexamen eller högskoleexamen. De teoretiska studierna varvas med praktik. Johannelunds teologiska högskola har även bland annat missionärskurser, bibelskolekurser och fortbildningskurser. Utbildningen startade 1862 med en skola för missionärer i Stockholm och en