Johannes Steenstrup hade förmågan att välja forskningsuppgifter som på hans tid låg utanför historiens allfarvägar men som aktualiserats i vår egen tid: naturförhållanden, bebyggelsehistoria, ortnamnsforskning, bönders och fiskares villkor, rättshistoriska förhållanden och kvinnohistoria. På flera områden var hans insatser banbrytande. Kusin till Knud J.V. Steenstrup.