Substansen själv har föga användning som läkemedel eftersom den bryts ned nästan omedelbart i kroppen. Vid ögonkirurgi kan emellertid acetylkolin (Miochol^®-E) användas för att genom injektion i ögat framkalla pupillsammandragning (mios). Den syntetiska kolinestern karbakol används för att sänka ögontrycket vid glaukom (Isopto^®-Karbakolin), för att ge