Akademins syfte är att främja vetenskaper av betydelse för totalförsvaret. Dess arbete leds av främst styresmannen. Verksamheten är fördelad på sex avdelningar, I–III lant-, sjö- respektive luftkrigsvetenskap, IV militärteknik samt V och VI andra vetenskaper av betydelse för totalförsvaret, bl.a. beteendevetenskap, folkrätt, medicin, militärhistoria, pedagogik, samhällsvetenskap samt utrikes- och säkerhetspolitik.