Lilly grundades 1876 av inbördeskrigsveteranen Eli Lilly (1838–98) och leddes i ytterligare två generationer av dennes ättlingar. Lilly är verksamt inom bl.a. områdena antibiotika, hormoner, cellhämmare (cytostatika) och psykofarmaka. Det är också en av världens första (sedan 1920-talet) och ledande tillverkare av insulin, bl.a. genom användande av genteknik.