Limnologi innefattar både söt- och brackvatten samt såväl grund- och ytvatten som sjöar, dammar och rinnande vatten. Limnologi kan ses som ett tvärvetenskapligt ämne mellan en rad andra vetenskaper, t.ex. kemi, botanik, zoologi, fysiologi, mikrobiologi och hydrologi, men med vatten som den gemensamma nämnaren.