Mundigak var bebott redan i början av 3000-talet f.Kr. och utvecklades under följande årtusende, sannolikt genom handel med koppar och lapis lazuli, till en stad med monumentala byggnader och specialiserade handels- och hantverkarkvarter samt förbindelser med Induskulturen, Shahr-e Sokhta och Namazga-depe.