Myndigheten har ca 1 000 anställda på åtta orter och leds av en styrelse som utses av regeringen. Stabsfunktionerna samt generaldirektören finns i Stockholm. Pensionsmyndigheten skapades genom en sammanslagning av de delar av Försäkringskassan som hanterade pensioner och pensionsrelaterade förmåner och Premiepensionsmyndigheten (som avvecklades).