Man utgår från aminosyror och gör specifika amino- och karboxylgrupper oreaktiva genom att förse dem med skyddsgrupper, medan andra kan reagera med varandra och bilda en peptidbindning. Detta upprepas tills ett önskat antal skyddade aminosyror hopfogats i önskad ordning. Därefter avlägsnas skyddsgrupperna med olika slags reagens. Peptidsyntes utförs ofta med