Svartmunnad smörbult är gråbrun mörkbruna fläckar på ryggen och sidorna samt med eller utan små ljusblå prickar på sidorna. Kroppen är kraftig och huvudet förhållandevis stort. Ögonen sitter högt upp. Stjärtfenan är rundad. Bukfenornas bas är sammanvuxna och bildar en sugskiva, med vilken fisken håller sig fast i miljöer med strömmande