De tomaskristna är i nutiden starkt splittrade, och deras historia är komplicerad. Kyrkan var under medeltiden underställd den östsyriske (nestorianske) patriarken i perserriket. Under den portugisiska kolonisationstiden tvångsanslöts den till romersk-katolska kyrkan 1599 vid ”synoden” i Udyamperur (syro-malabariska kyrkan). År 1653 bröt sig en stor del av kyrkan loss och