Organisatoriskt tillhör UMF Umeå universitet (de andra två finns i Stockholm och Göteborg) och leds av en styrelse, vars ordförande utses av regeringen. UMF bedriver forskning, miljöövervakning och utbildning och har även i uppdrag att sprida information om forskning med anknytning till Bottniska viken. Huvuddelen av verksamheten är lokaliserad till