Museet grundades 1909 och inryms sedan 1959 i Akademikvarnen från 1760-talet, belägen i Fyrisån. Basutställningarna visar bland annat Uppsala stads kulturhistoria, studenthistoria, uppländsk folkmusik, folkkonst och textilier. Samlingarna belyser främst uppländsk bondekultur och järnhantering samt hantverk, industri och handel i Uppsala. Museet har en fotosamling med en miljon bilder från