Pannenberg strävade att sammanskåda tro och förnuft och förde in teologin i den vetenskapsteoretiska diskussionen (Wissenschaftstheorie und Theologie, 1973). Hans position redovisas i det monumentala verket Systematische Theologie (1–3, 1988–93). Pannenberg deltog även i det ekumeniska arbetet, särskilt inom Faith and Order.