Den består av höga berg med flera aktiva vulkaner, och allvarliga jordbävningar är vanliga. Det högsta berget heter Fuji och når 3 776 meter över havet. Mellan bergen löper trånga dalar, och längs kusten finns smala slätter. Vid östkusten breder enorma städer och industriområden ut sig. Klimatet är varmt och fuktigt.