Till skyddsproteinerna hör bl.a. immunglobulinerna, som tillsammans med de proteiner som bygger upp komplementsystemet spelar stor roll för kroppens immunförsvar, och vidare koagulationsfaktorerna, som deltar i blodstillningen. Många hämmare av proteinspjälkande enzym hör också hit, t.ex. alfa-1-antitrypsin och alfa-2-makroglobulin.