Beilstein insåg tidigt värdet av att ha den i originallitteraturen fragmenterade kunskapen om enskilda organiska ämnen samlad i ett enda bokverk och inledde redan i Göttingen arbetet på sin berömda Beilsteins Handbuch der organischen Chemie. Den utkom 1880–82 i två band och omfattade de 15 000 då kända organiska föreningarna;