Vid sitt maktövertagande mötte han betydande opposition mot centralmakten i Damaskus, dels från nordarabiska stammar i Nordsyrien och Irak, dels från tre inflytelserika grupper i Irak: kharijiterna, shiiterna och kretsen kring Abd Allah ibn az-Zubayr. Abd al-Malik kunde 691–92 effektivt kväsa oroligheterna och ena muslimerna på nytt. Han fortsatte också