Höijer hörde till de tidigaste anhängarna i Sverige av Kants s.k. kritiska filosofi, vilken han ville vidareutveckla i samma riktning som Fichte och Schelling. Den transcendentala idealismens problemställningar sysselsatte honom i huvudarbetet Afhandling om den philosophiska constructionen (1799). Höijer var medlem av den krets uppsaliensiska akademiker, den s.k. Juntan,