Equmenia är organisatoriskt fristående men har nära kopplingar till Equmeniakyrkan. Equmenia består av de tidigare ungdomsorganisationerna Svenska missionsförbundets ungdom, Svenska baptisternas ungdomsförbund och Metodistkyrkans ungdom. En av de mest kända verksamheterna som organisationen bedriver är scoutverksamheten Equmeniascout (tidigare SMU-scout).