Både som kyrklig och världslig makthavare tog Filaret aktiv del i tronstriderna under den så kallade stora oredans tid men utmanövrerades av Boris Godunov. Efter polsk fångenskap återvände han 1619 till Moskva, där han blev kyrkligt överhuvud och faktisk rysk regent. I sistnämnda egenskap arbetade Filaret framför allt med att förbättra den ryska