Den leds av chefen för flygvapnet med en vädertjänstledning i flygstaben. Prognostjänst för militära ändamål, där flygverksamheten är den mest väderberoende, bedrivs såväl regionalt i vädercentraler som lokalt vid försvarets flygande förband, bl.a. med stöd av väderflygningar med meteorologer. Samverkan med SMHI är omfattande t.ex. vad avser observationer samt studier