Fartyg som stannar en längre tid i hamnen belastas med extra avgifter. Avgiften berättigar till användning av kajer, bryggor och förtöjningsanordningar. Dess storlek bestäms per år, vanligtvis av hamnens styrelse. Hamnavgift uttas också för de varor som lastas och lossas samt för passagerare inom färjetrafiken.