Vid revolutionen 1848 invaldes Favre i nationalförsamlingen. Han deltog i försöken att med vapenmakt hindra Louis Napoléon Bonapartes statskupp i december 1851 och tvingades därefter för en tid att lämna politiken. På 1860-talet blev han en av ledarna för den republikanska oppositionen och motsatte sig krigsförklaringen mot Preussen 1870.