Nils Brahe d.y. blev 1657 överste för Upplands fotfolk i krigen mot Polen och Danmark. Han utnämndes till riksråd 1660 och spelade en roll i utrikespolitiken under förmyndarregeringen för Karl XI. Genom sitt äktenskap med C.G. Wrangels dotter kom han i besittning av Skokloster, och av farbrodern Per Brahe d.y.