Staden var bebodd från ca 5000 f.Kr. till ca 800 e.Kr. Under tredje årtusendet f.Kr. var Nippur Sumers religiösa centrum; i öster låg templet till den högste guden, Enlil. I skrivar- och prästkvarteren söder om templet har flera bibliotek med sammanlagt ca 4 000 sumeriska och delvis akkadiska litterära texter påträffats;